A più di dieci anni di distanza dal suo avvio il Processo di Bologna è una realtà imprescindibile per la maggior parte dei paesi europei. Gli Stati firmatari stanno affrontando un'epoca di grandi riforme per conformarsi alle caratteristiche previste per lo Spazio Europeo dell'Istruzione Superiore. Tra questi paesi c'è anche la Santa Sede, che ha aderito al Processo firmando la Dichiarazione il 19 settembre del 2003. Come si pone la Santa Sede all'apertura "universale" delle università in Europa?
Non è stato necessario apportare grandi cambiamenti al sistema di educazione superiore ecclesiastico, in quanto già tripartito in tre cicli: il primo che si sostanzia nella formazione di base; il secondo che consiste nel proseguimento della formazione mediante la specializzazione e l'approfondimento scientifico; il terzo che conduce al perfezionamento accademico mediante un contributo alla scienza ecclesiastica.
Sono in arrivo, però, alcuni cambiamenti importanti: verrà creata una banca dati e un sito web sull'intero sistema d'istruzione superiore ecclesiastico; saranno intensifcate le collaborazioni internazionali universitarie; verrà perfezionato lo specifico quadro nazionale delle qualifiche (lauree, diplomi ecc.); è stata creata l'Agenzia per la verifica e la promozione della qualità (AVEPRO) che riguarda specificamente le Facoltà di Teologia, sia delle Pontificie Università che delle Università statali.
In un articolo comparso sul numero 115 di Universitas (Angelo Vincenzo Zani, La Santa Sede e il Processo di Bologna, pp. 53-56) monsignor Zani spiega come la competenza in materia spetti ufficialmente alla Congregazione per l'Educazione Cattolica che il 30 marzo 2009 ha indicato i principi da rispettare nel compimento delle riforme auspicate a livello europeo. In particolare, per le Facoltà di Teologia ha fissato tre principi cardine. Il primo principio ricorda che il Processo di Bologna non propone norme od orientamenti che debbano essere applicati alla lettera, per cui le singole Facoltà hanno la capacità e l'autonomia di procedere alle riforme in base a ciò che si reputa conveniente alla luce del fatto che lo studio teologico riflette l'essenza stessa del sistema d'istruzione superiore ecclesiastico. Il secondo principio conferma il fatto che l'autorità nazionale competente per le istituzioni che rilasciano gradi accademici con valore canonico è la Santa Sede: da questo principio ne deriva un altro, ovvero che nel caso in cui una facoltà teologica sia inserita in una università statale e sia in vigore un concordato o una convenzione internazionale che stabilisca i rapporti fra Santa Sede e Stato, l'organizzazione interna di un corso è lasciata alla Santa Sede mentre quella esterna spetta allo Stato. Il terzo principio afferma che il quadro delle qualifiche della Santa Sede non è da inventare, ma è contenuto nelle disposizioni della Costituzione Apostolica "Sapientia christiana" del 1979.